Le nom de la ville de Natitingou lui a été donné par les missionnaires. Il provient de Nantotingou : le village de Nanto (fondateur de la ville) ce nom signifie l'écraseur.
Siège du palais du gouverneur pour la province de l'Atacora lors de la colonisation française, la ville de Natitingou devient préfecture de l'Atacora lors de l'accession à l'indépendance de la république du Bénin en 1961. Elle a connu jusqu'à nos jours une forte croissance et est peuplée d'ethnies très diverses
Selon plusieurs recherches et selon les histoires orales recueillies auprès des personnes âgées,[Lesquelles ?], le nom Natitingou offre également plusieurs interprétations :
Première interprétation : Natitingou signifierait Nanto Tingou qui veut dire la ville de l’écraseur et si on devrait s’en tenir à cette interprétation, Natitingou prend le surnom (sobriquet) de cet homme célibataire (Ossori) qui avait l’habitude d’écraser lui-même les céréales pour sa propre cuisine. (Vous savez que l’avènement des moulins est très récent. Auparavant les femmes, pour avoir la farine pour faire la pâte, devraient écraser les céréales à la meule qui est composée de deux pierres, celle du bas est large et celle du haut est petite. Jusqu’à nos jours les femmes utilisent ce genre de meule pour écraser de la farine pour cuisiner une grande famille)
Deuxième interprétation : Pour certains Natitingou Signifierais Nantu Tingou (Village de la viande). Certaines pensent que la ville était un endroit où il y avait assez de gibiers. Cette idée semble aussi vraie en ce sens que la ville est située entre les montagnes et la vie ne pouvait être possible que dans cette partie basse. Donc il y avait assez de gibiers raison pour laquelle les gens ont gardé l’appellation « Nantu Tingou » pour se référer bien sûr à ce village qui va devenir Natitingou.
Troisième interprétation : D’autres pensent que le nom est « Nanti Tingou ». Ceux là font un lien à la mythologie avec la ville. Il parait que tous les soirs au couché du soleil l’on pouvait entendre les bruits des meules dans le village. Ces bruits seraient produits par les esprits qui habitaient dans ce village et ces alentour. D’où le nom Nanti Tingou.